I percorsi di formazione avanzata che FONDACA promuove sono finalizzati a migliorare le conoscenze e le capacità dei membri delle organizzazioni civiche e dei loro stakeholder, così come di professionisti e osservatori dei fenomeni correlati all'attivismo civico, alla governance e alla cittadinanza d'impresa.

In particolare, all'interno di questa area va ricordato il Master in Politiche della cittadinanza e welfare locale, un corso di primo livello di formazione permanente e aggiornamento professionale nel campo delle politiche per la tutela e la promozione della cittadinanza a livello locale, che Fondaca ha organizzato per 3 anni (dal 2003 al 2006) insieme alla Facoltà di Statistica dell'Università La Sapienza di Roma.